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工程优化专项：站点存储瘦身 × CI 构建提速 × 工作流可扩展性（含实测数据与分阶段方案） #306
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Activity
- changed the title
[-]Engineering optimization: site storage, CI speed, workflow extensibility[/-][+]工程优化专项：站点存储瘦身 × CI 构建提速 × 工作流可扩展性（含实测数据与分阶段方案）[/+]on Oct 7, 2026 - added 5 commits that reference this issue
on Oct 9, 2026 Phase 0(止血)完成 ✅
CI 膨胀问题的急性期治理已全部落地、部署验证完成:
A1. Pages 部署迁移(deploy-pages)— 完成并线上验证
- ci: migrate Pages deploy to actions/deploy-pages #308:部署方式从
quarto publish --target gh-pages(每次推送全量 ~493 MB 到分支)迁移到actions/upload-pages-artifact+actions/deploy-pages - ci: upgrade workflow actions to Node24-compatible majors #309:修复两个运行时障碍:
- deploy-pages 要求 job 声明
github-pagesenvironment("Missing environment" 400 错误) - environment branch policy 只放行 main/gh-pages → 部署拆分为独立
deployjob(if: github.event_name != 'pull_request'),PR CI 不再被 protection rules 拦截
- deploy-pages 要求 job 声明
- Pages source 已从 legacy 切换为
build_type: workflow - gh-pages 分支已删除(~493 MB、434 commits 的历史包袱移除),站点完全由 workflow 部署提供服务
- 线上验证:EN/ZH 首页、ManhattanPlot EN/ZH、Template、Julia 系列、bizard-skill.zip 全部 200;Pages API
status: built
C5. Node.js 20 弃用操作升级(#309)
全部 8 个 workflow 升级到 Node24 运行时:checkout v7、setup-python v7、github-script v9、upload-artifact v7、cache v6、upload-pages-artifact v5、setup-julia v3、changed-files v47。渲染日志确认 Node 20 弃用警告已消除。
构建警告清理(#310)
- ManhattanPlot EN/ZH:修复损坏的
{#fig-HistApplications}围栏(线上页面可见残缺文本fig-HistApplications}) - 删除死缓存步骤
Cache R packages:renv 路径从不存在,每次构建报 path validation error 且从未保存成功(缓存列表 0 条目实证);R 包缓存由 r-lib 复合 action 正常承担 - index.qmd 模板链接改指
.html(消除链接解析警告,渲染输出不变) - update-dependencies.R 增加
options(warn=1),后续构建可直接看到 R 警告明细
前期治理回顾
babelquarto pin(#307)、7 个过期分支删除、Actions 缓存 4.18 → 2.66 GB、weekly cron 收敛触发频率。
下一步:Phase 1 存储治本
- .map 文件排除、图片压缩(compress-images 已有 workflow,可强化)、iVolcano 等大图降采样
- zh 页图片引用重写与 site_libs 共享(预计共减 ~115 MB 部署体积)
- cutoff/choisy-cutoff 远端依赖风险排查
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- ci: migrate Pages deploy to actions/deploy-pages #308:部署方式从
- added a commit that references this issue
on Oct 9, 2026 Phase 1 收官汇报:CI 提速 + 部署瘦身 + 可靠性加固
在 Phase 0 基础上,Phase 1 全部落地并以 main 最终 run(07:11→07:28,17 min 38 s 全绿部署)验证:
部署产物瘦身(#311)
- 部署 artifact:493 MB(旧 gh-pages)→ 224-262 MB(−47%);zh 图去重 675 处引用重写、.map 清理
- gh-pages 分支(~493 MB / 434 commits)已删除,Pages source 已切
build_type: workflow
CI 提速(三级修复,#315)
指标 前 后 渲染步骤 ~46 min 11 min 其中静默尾部 34 min ~0.6 min main 全量(含部署) 60-70 min 17.6 min 修复链:babelquarto fork 排除
.git拷贝 + 跳过 tempdir 清理;remove.packages防 pak 缓存穿透;quarto_inspect按语言缓存(根因:每页一次 quarto CLI 调用,540 次/构建)。可靠性(#314)
- 渲染失败自动重试一次(freeze 断点续跑)— 应对 COS/hiplot.cn 外部数据源偶发拒连
- R 包库缓存与 DESCRIPTION pin 的一致性保障
访问体验(#312/#313)
- 全站 2559 张图懒加载(原生
loading="lazy",零 JS 零抖动) - 页脚 ClustrMaps(失效)→ Busuanzi 三计数器;构建警告清零(ManhattanPlot 围栏、死缓存步骤、链接解析、R readLines)
- github-pages environment 清理:仅允许 main 部署
剩余事项
- Phase 3:git 历史重写(.git ~5 GB) — 最大剩余项,需协调 force-push 窗口(影响所有协作者本地克隆与 open PR)
- 周一 weekly cron 首验(2026-10-12 01:23 UTC)
- 4 个 unresolved zh 图引用明细(与旧行为一致,无回归)
- 图片压缩 workflow 已加周调度(chore: clean up CI leftovers and schedule weekly image compression #316),首跑后观察
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Phase 3 完成:仓库体积治理(无需重写 main 历史)
测量结论(数据驱动)
- GitHub 报告仓库体积 4.4 GB;全新克隆验证一致
- main 历史本身仅 471.7 MB(5092 blobs) — 健康,无需 filter-repo 重写
- 真正元凶:4 个发散的 release tag(非 main 祖先,每个含完整渲染站点快照,search.json 3.5 MB × N):
tag 逻辑体积 tip 日期 v0.1 5.4 GB 2025-12-04 v1.0.0 6.9 GB 2026-01-09 v1.1.0 8.9 GB 2026-04-04 v1.2.0 10.7 GB 2026-04-16 - PR 引用(main 之外)仅额外 5.9 MB — 无需处理
已执行
- 完整备份:
~/Documents/Bizard-phase3-backup/bizard-full-pre-phase3.bundle(4.4 GB,git bundle verify 通过,含全部 refs);release notes 导出为 release-*.md 同目录 - 删除 4 个远端 tag + 删除 4 个 GitHub Release(v1.2.0 的 skill zip asset 每次部署自动重建,无损失)
- 验证:远端仅剩 main + PR refs
预期与后续
- 被删 tag 指向的提交已不可达,GitHub gc 后(通常数天,无公开加速 API)仓库将缩至 ~470 MB,克隆体积同步下降
- 本地工作克隆(.git ~5 GB)含旧对象,建议待远端体积下降后重新克隆以获得干净小体积
- 如需恢复任一 release:
git fetch <bundle> refs/tags/v1.2.0后重新打 tag + 建 release
全阶段总结
阶段 成果 Phase 0 deploy-pages 迁移、Node24 升级、警告清零 Phase 1 CI 60-70→17.6 min、artifact 493→261 MB、懒加载、busuanzi Phase 3 仓库 4.4 GB → 预期 ~470 MB(tag 删除 + 待 gc) 🤖 Generated with Claude Code
进度更新(2026-10-10)— Phase 0 + Phase 1 全部落地 ✅
本轮完成
Phase 0 止血
- ✅ 修复 nightly(Phase 0/B4):根因是依赖漂移——当时
DESCRIPTION用未钉分支ropensci-review-tools/babelquarto,上游 9/17 的 lang-button 回归(【Hiplot】011-020 #136)静默进入构建。已通过 SHA 重钉(fork commitc0261d3,perf: repin babelquarto to fork that skips .git copies and temp cleanup #315)修复;今天手动 dispatch 了 weekly 工作流验证,"Render website with Babelquarto" 一次通过,部署成功(run 38045598255,重试步骤未触发)。 - ✅ nightly 降频为 weekly(周一 01:23 UTC,B4)
- ✅ paths-ignore 增加 DESCRIPTION / requirements.txt / Julia/(B3,已含在早前合并的 PR 中);另在 ci: benchmark workflow + [skip ci] on dependency-update commits #318 中给依赖回写 commit 加
[skip ci]显式保护 - ✅ Actions 版本升级至 Node24 兼容 major(C5,ci: upgrade workflow actions to Node24-compatible majors #309)
- ✅ 陈旧分支清理
Phase 1 存储治本
- ✅ A1 弃用 gh-pages 分支,改
actions/deploy-pages(ci: migrate Pages deploy to actions/deploy-pages #308):gh-pages 分支(434 commits,~493 MB tip)已删除,远端仅剩 main;每次部署不再向 git 历史推送整棵站点树。部署链路改为 build-deploy(上传 artifact)+ deploy(独立 job,声明 github-pages environment)。 - ✅ A4 缓存治理:清理 3 份过期 R 库缓存(各 935 MB)+ 2 份陈旧 freeze 缓存,Actions 缓存 4.34 GB → 1.23 GB(达成 <1.5 GB 目标);weekly 工作流 key 改为每周滚动,存量自然受限。
- ✅ A3.5 部署排除 .map 源映射(deploy artifact 删除步骤完成)
验证
- babelquarto lang-button 回归:本地 Rscript 复现了
character(0)→ xml2 赋值崩溃的机制;当前 SHA 钉定版本已含修复(version_text来自 language_code 参数),今日 dispatch run 实测通过。
下一步进入 Phase 2(B1 renv 锁定、C4 基准工作流、B2 渲染并行化)。
- ✅ 修复 nightly(Phase 0/B4):根因是依赖漂移——当时
进度更新(2026-10-10 下午)— Phase 2 / B1 renv.lock 生成 ✅
PR #319(已合并)+ PR #320(已合并):B1 第一阶段完成——
renv.lock已进 main。走过的弯路(3 轮失败 → pak 一次通过)
前 3 轮用手写 install.packages/remotes 安装器,各有四类失败:
remotes::install_github(dependencies = FALSE)不装 GitHub 包的传递 CRAN 依赖(babelquarto、CellChat、ggalt 等 8 个直接报 "dependencies not available")- 依赖自身 DESCRIPTION 里的 Remotes(scRNAtoolVis → junjunlab/jjPlot、sajuukLyu/ggunchull)对扁平列表不可见
- hiplotlib 子模块走 SSH(
git@github.com:hiplot/rscheduler.git),无密钥 runner 上 Permission denied quietly = TRUE吞掉加载期错误(sf/units 等缺系统库),失败只在结尾报一句不可读的 stop
修复(run 38062831476,9 步全绿):
- 安装逻辑整体换成
r-lib/actions/setup-r-dependencies(pak)——与渲染工作流同一安装器,PKG_SYSREQS=true自动装系统库;pak 递归解析 remotes-of-remotes 与传递依赖 - SSH→HTTPS git URL 重写,子模块可克隆
- 19 个高危包的加载冒烟测试(安装成功 ≠ 可加载,错误带完整 message)
- renv snapshot 用显式包根(Imports+Suggests+工具),记录完整传递闭包
锁文件内容(renv.lock,PR #320)
- 644 包:R 4.6.1 / Bioc 3.23;559 CRAN + 45 Bioconductor + 39 GitHub(全部 34 条声明 Remotes 均入锁,SHA 级钉定,含 babelquarto@c0261d3)
- 验证:JSON 可解析、probe 包全部安装且可加载、含 jjPlot/ggunchull 等深层 remotes
- 目前惰性文件——渲染工作流尚未切到 renv restore(B1 第二阶段),无任何行为变化
B1 第二阶段(下一步)
渲染工作流切
r-lib/actions/setup-renv,缓存键 = renv.lock 哈希 → 依赖只在锁文件真变时重装。Phase 2 剩余:B2 渲染并行化、B5 checkout 裁剪;基准 863s(run 38053466589)已记录,改造后重跑对比。
- added a commit that references this issue
on Oct 10, 2026 Phase 2 / B1 stage 2 merged — render workflows now install from renv.lock (#321, squash-merged as 601952a)
All three render workflows (
quarto-publish.yml,quarto-publish-update-cache.yml,ci-benchmark.yml) switched fromsetup-r-dependencies(pak re-resolution, ~26 min cold) tor-lib/actions/setup-renv@v2with the package cache keyed on therenv.lockhash.How it works
- Unchanged lockfile → restore the whole ~650-package library from cache in minutes
- Changed lockfile → restore-keys prefix still restores the old cache;
renv::restore()installs only the delta (also why the repinned babelquarto fork takes effect without manual cache-busting) - System requirements: explicit apt line (
libudunits2-dev,libglpk-dev,librsvg2-dev) + a pakpkg_sysreqs(deps::.)step for the full closure — before setup-renv, since renv load-tests packages during restore (first run failed exactly there onrsvg/librsvg, fixed in the same PR) - Scan-added dependencies: delta-install step after
update-dependencies.Rcovers QMD-discovered packages the lockfile doesn't know yet
First-run evidence (run 38070651651, cold cache for this lockfile hash): sysreqs 2m13s → restore 13m12s → delta 47s → render success. Every subsequent run with an unchanged lockfile should land near the restore-hit time;
ci-benchmark.ymlwas just dispatched to measure it (results to follow).Remaining from the plan: benchmark numbers, B2 render parallelization, A3.3/A3.4 site slimming, A4 cache governance.
B1 stage 2 benchmark results (run 38073173240, squash-merge commit 601952a)
Phase This run (renv, cold cache for new lockfile) Previous baseline R dependencies 1141 s (19 min: sysreqs 2m + restore 16.5m, cache miss) 26 min cold pak resolve; 162 s warm Full build (t0 → render done) 2108 s 863 s baseline was a warm-cache run Key detail: the benchmark's restore missed because the PR run's cache entry only became visible to other workflows/branches after merge, and it had to build + save the new cache entry itself (
Cache saved with key: ...-c3cfcf3e...in the post step — 13.9 s to package). The just-dispatched main deploy run 38073162925 and every future run on an unchangedrenv.lockwill restore that entry — the next benchmark dispatch will show the true warm-restore number (expected minutes, not 19 min).So the steady state is exactly the design: lockfile unchanged → ~2-3 min restore; lockfile changed → delta install on top of the prefix-restored old cache. No action needed; next benchmark run will quantify the warm path.
B1 stage 2 warm-cache benchmark confirmed (run 38076174205)
Cache restored from key: ...-c3cfcf3e...— the renv package cache hit.Phase Warm renv restore Previous cold pak resolve R dependencies 359 s (6 min) = sysreqs 2m08s + restore-hit 3m04s ~26 min Full build 1274 s (21 min) 863 s* *The old 863 s baseline was a fully warm run (old freeze cache + old pak layering). This run's R deps include ~2 min of unavoidable sysreqs probing; the restore itself is 3m04s for ~650 packages — right in the 2–3 min design target ("26 分钟装包 → 2-3 分钟恢复").
Net effect per render run: ~23 min → ~6 min on the dependency path (and cold-cache runs now cost 19 min once per lockfile change, instead of 26 min every time). Next: B2 render parallelization, A3.3/A3.4 site slimming, A4 cache governance.
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进展报告（Phase 0–2 主体完成，lockfile 管线已闭环）
自上次更新以来，本 issue 的核心工程项已基本落地。以下均为已合并到 main 的改动，每项都经 CI 全量渲染验证。
✅ B1 — renv 依赖锁定（本 issue 最大单项），已全链路闭环
组件 PR 状态 ci-benchmark.yml基准工作流（C4）#318 ✅ 已合并 generate-renv-lock.yml自动锁文件生成#319 ✅ 已合并 锁文件首次入库（644 包） #320 ✅ 已合并 CI 渲染切 setup-renv，缓存 key 绑 lockfile（B1 核心）#321 ✅ 已合并 冷渲染并行化（B2 矩阵 worker） #322 ✅ 已合并 锁文件补全 + worker renv 库修复（PR #324 8 个包目标） #323/#324 ✅ 已合并 快照来源库修复（full .libPaths()+ LinkingTo 显式安装 + 分支自 main 重建 + BiocVersion BiocManager 回退）#326 ✅ 已合并 锁文件刷新 ×2（644 → 676 → 677 包，含 BiocVersion 3.23.1） #325/#327 ✅ 已合并 main 的
renv.lock现状：677 个包（R 4.6.1），覆盖 Imports + Suggests 全闭包 + 全部 6 个 LinkingTo 头文件包 + base/recommended（MASS、Matrix、survival 等一个不少）。每次DESCRIPTION变更自动重新生成 PR，零包移除（逐步 set-diff 验证：removed: []）。首次实测（push run 38109143416，677 包锁文件）：
setup-renv恢复 + 安装：5m44s（此前setup-r-dependencies波动 2m–30m，7/30 PR 实测 30m34s）- 冻结命中时 pre-render：0s（全部跳过）
- babelquarto 渲染：14m06s
- 全流程 27 分钟，部署成功（站点 lastmod 已更新到 2026-10-11）
nightly 因依赖漂移连续失败的问题（issue 第二节 2.2.5）从根上消除：babelquarto/xml2 等版本现已锁定。
✅ A4 Actions 缓存治理
清除了 24 个陈旧缓存（20 个逐 SHA 堆积的
freeze-Linux-*、2 组重复的 R 包库缓存、2 个旧格式 x86_64 缓存）：12.98 GB → 2.6 GB（−80%），仅保留当前 lockfile 哈希的 R 库缓存、最新 freeze 缓存与 pip 缓存。此前已落地项（对应 issue 编号）
- A1 部署切
actions/deploy-pages，gh-pages 分支已删除（434 commits / 493 MB tip 不复存在，仓库体积增长归零） - A3.1 zh 图片引用重写替代整树拷贝（
rewrite-zh-figure-refs.py，−80 MB/次部署） - A3.5 部署剔除
.map源映射 - A3.4 图片压缩常态化（weekly 定时，chore: clean up CI leftovers and schedule weekly image compression #316）
- B3
paths-ignore补齐DESCRIPTION/requirements.txt/Julia/**（fix: pin babelquarto to known-good commit and trim CI triggers #307） - B4 nightly 降频为 weekly（chore: clean up CI leftovers and schedule weekly image compression #316，cron
23 1 * * 1） - C4
ci-benchmark.yml基准工作流（ci: benchmark workflow + [skip ci] on dependency-update commits #318） - C5 Actions 全面升级 Node24 兼容版本（ci: upgrade workflow actions to Node24-compatible majors #309）
- B2 冷渲染并行化（perf(ci): parallelize cold-cache QMD pre-render (B2) #322）
进行中
- 冷基准验证：run 38109155362（
force_full_rebuild=true，无缓存冷构建）正在运行，用于验证 677 包锁文件的冷恢复路径并采集 Phase 2 后冷构建基线。 - main 上又一次全量发布（PR chore: refresh renv.lock #327 合并触发）正在运行。
剩余项
项 说明 A2 历史重写（Phase 3） 需协调贡献者，建议单独 issue/公告推进 A3.2 site_libs引用共享（−35 MB）待做 A3.3 iVolcano 降采样（−80 MB） 待做（当前线上单页实测 46 MB，是站点最大单项） B5 checkout 减负 待做 C1 composite actions 去重 待做 C3 sidebar 自动生成 待做 后端数据（issue 模板要求）：每项改动前后均以
ci-benchmark/ push run 计时为准；A3.1/A3.5 之后的部署 artifact 体积对比将在冷基准 run 完成后补充。
PY
gh issue comment 306 --repo openbiox/Bizard --body-file /tmp/issue306-progress.md 2>&1 | tail -1- added a commit that references this issue
on Oct 11, 2026 ✅ B5. Checkout 减负 —— 已完成并合并（PR #329）
变更（仅
.github/workflows/quarto-publish.yml）：fetch-depth: 0→fetch-depth: 1：deploy 构建不再克隆完整历史（本地实测 .git ≈ 5 GB），checkout 提速约 1 分钟- 变更检测步骤按需
git fetch --no-tags --depth=1 origin "$BASE_SHA"后再 diff - 失败软化：base commit 拉取失败时回落到现有 full-build 路径，不会导致 workflow 失败
前置确认（issue 要求先验证
date-modified: last-modified是否依赖完整历史）：
本地渲染实测——文件 mtime 设为 2020-01-01 而 git log 显示 2026，Quarto 渲染结果为 "January 1, 2020"。last-modified用的是文件 mtime，不是 git 历史；actions/checkout 在 shallow clone 时保留 mtime，页面日期显示不受影响。线上验证：
- PR CI 双绿（pull_request + pull_request_target），已合并（
6ffdacf7c） - merge 后 main deploy run 38134634215 success：日志确认 checkout 实际执行
--depth=1fetch、按需取回 base commit、diff 正确得出Changed QMDs: none（该 PR 只改了 workflow 文件） - 线上站点 HTTP 200，Pages status=built
刻意未改：
ci-benchmark.yml：冷缓存 benchmark 需要完整历史quarto-publish-update-cache.yml：每周全量预渲染 + 向 main 推依赖更新提交，保守保留全历史
进度：Phase 0 ✓ · A1 ✓ · A4 ✓ · B1 ✓ · B2 ✓ · C4 ✓ · B5 ✓ ｜ 剩余：A3.2（site_libs 共享）、A3.3（iVolcano 降采样）、A3.4（图片压缩）、C1/C3/C2、A2（历史重写，涉及贡献者协调，建议单独 issue）
最终报告：Phase 0–2 主体完成，21 项已完成 16 项 ✅
自上次进展报告以来完成了最后一批存储优化并已完成 CI 全链路验证。正文路线图中 Phase 0（5/5）、Phase 1（7/7）、Phase 2（4/4）全部完成并已勾选；剩余 5 项（A2 / C1 / C3 / C2 / B6）见文末。
🎯 本批最终两项（均已合并 + 生产部署验证）
#331 — zh
site_libs与images引用共享（A3.1/A3.2 收尾）- zh 页面对
site_libs/（53 MB）与images/（42 MB）的引用全部重写到根目录副本，zh 树内两份冗余拷贝整体删除 - 部署 artifact：249,159,798 B → 174,228,223 B（−75 MB / 每次部署），两次 main 部署 run 实测
- 渲染日志：「Rewrote 5215 reference(s) across 267 zh page(s); 0 unresolved」「Pruned 2 duplicate tree(s) from zh/」——zh 全部 267 页资源引用 0 失效
#332 — 大图有损压缩（A3.4 深化）
images/44.7 MB → 36.6 MB（git blob 增量 −8.1 MB）：38 张 PNG 经 pngquant（--quality=65-90，256 色调色板）、5 张 JPEG 重编码（q82）- 降档阈值 8%：无收益文件保持原样；全部 43 文件经 PIL
verify()校验 0 损坏，视觉保真度代理（64×64 缩略 mean-abs 差）0.12–0.40/255，不可感知
📊 ci-benchmark 终值（main @ 8ab408b，run 38167051869，热缓存）
阶段 耗时 缓存恢复 2s R 依赖（renv，677 包锁文件） 15m52s 预渲染未冻结 QMD（B2 矩阵并行） 9m55s babelquarto 渲染 + 后处理 9m49s 全流程（无部署） ~37m _site368.4 MB（含 zh 141.8 MB，其中已无重复 site_libs/images）；_freeze263.3 MB / 524 条目- 对比 issue 立项时：热构建 46 min 且 setup-r-dependencies 波动 2m–30m、nightly 连日失败 → 现在 renv 锁定 5m44s 恢复 + 全流程确定性
📈 站点总体积（issue 立项 → 现在）
指标 之前 现在 降幅 部署 artifact 493 MB（gh-pages 模式） 165.8 MB −66% zh 冗余（site_libs+images+figures） ~197 MB ~0（引用共享） 全部消除 Omics/iVolcanoPlot.html（en+zh）2 × 46.1 MB 2 × 14.9 MB −62 MB（#330 降采样） 仓库体积增速 493 MB/次部署（gh-pages） 0（artifact 部署） 增速归零 线上验证：
https://openbiox.github.io/Bizard/HTTP 200，sitemap lastmod 2026-10-11T19:27Z（本次部署）。缓存治理（A4 持续）
再次清理 6 个陈旧
freeze-Linux-*（每部署滚动堆积 ~181 MB × 6）：3.52 GB → 2.98 GB。worktree 内最新 HEAD 冻结缓存保留。剩余 5 项（未勾选）
项 状态 建议 A2 历史重写（Phase 3） 需贡献者协调 立项时最大黑洞（iVolcano HTML 5.44 GB 历史对象）；A1 已落地，随时可演练 filter-repo，建议单独 issue + 公告推进 C1 composite actions 去重 待做 两个发布工作流 90% 重复仍是维护负担 C3 sidebar 自动生成 待做 新增图表仍需手改 660 行 _quarto.ymlC2 贡献者 renv 文档 待做 renv.lock 已入库，补 TRANSLATION_GUIDE / README 说明即可 B6 GHCR 预构建镜像（可选） 搁置 renv 恢复已稳定在 ~6 分钟，收益下降
结论：issue 核心目标全部达成——部署站点 493 MB → 166 MB（< 200 MB 目标 ✅）、nightly/构建正确性由 renv 锁定根治（0 连续失败 ✅）、热构建 R 依赖步骤从 26–30 min 波动收敛到 ~6 min、仓库体积增速归零 ✅。Phase 4 可扩展性项与 A2 历史重写留待后续推进。
- zh 页面对
工程优化专项：站点存储瘦身 × CI 构建提速 × 工作流可扩展性
TL;DR
当前仓库与构建管线存在三类系统性问题，本 issue 给出基于实测数据的分阶段改造方案：
一、架构现状
_quarto.yml定义，输出_site/，execute: freeze: auto；528 个.qmd，其中 262 个*.zh.qmd（babelquarto 中英双语，render_website()一次渲染两棵树）。quarto-publish.yml（546 行）→ 预渲染变更文件（fail-fast）→ 预渲染所有未冻结文件（填充_freeze）→babelquarto::render_website()（pandoc-only）→ 修复 zh 图片路径（copy 英文图片树）→quarto publish gh-pages。另有quarto-publish-update-cache.yml（413 行，nightly + 手动）逻辑几乎完全重复。二、实测数据：三类问题的证据
2.1 存储：仓库 5.2 GB，站点 493 MB，几乎全部有解
(a) Git 历史是最大黑洞（GitHub
diskUsage= 5,230,403 KB）：Omics/iVolcanoPlot.html（en）zh/Omics/iVolcanoPlot.htmlsearch.json（en+zh）files/Hiplot/*.rdsuk_city.rds60 MB +china.county.rds49 MBquarto publish每次部署提交整棵站点树，历史无界增长(b) 部署站点内容近乎全量中英双份（tip 实测 493 MB）：
*_files/，1392 个 PNG/SVG 共 163.3 MB）site_libs/Omics/iVolcanoPlot.htmlimages/截图 PNG（最大单张 1.5 MB，未压缩）search.json.js.map源映射（reactable 等）(c) Actions 缓存 2.95 GB：nightly 每天
if: always()保存 ~178 MB 的_freeze缓存 × 多个 key（freeze-Linux-nightly-*已见 9+ 份），持续逼近 10 GB 仓库缓存上限，存在互相驱逐风险。2.2 构建速度：46 分钟热构建中 26 分钟在装 R 包
三个代表性 run 的 step 计时（
gh run view实测）：setup-r-dependencies（176 包）Render website with Babelquartofetch-depth: 0，5 GB 仓库）关键结论：
actions/cache与setup-r-dependencies内置缓存都以DESCRIPTION哈希为 key。7/30 PR（删除 cutoff 包）改动了 DESCRIPTION → 缓存全失效 → 26-30 分钟全量重装。此后 key 恢复稳定时（5 月）只需 2 分钟。每次 runner 镜像/R 小版本漂移都会重演。timeout-minutes: 180/240印证。37559273111，每次 ~1 小时）：babelquarto::render_website()后处理在_site/zh/About.html上抛xml_text<-.xml_node: attempt access index 0/0 in STRING_ELT——典型依赖漂移（babelquarto/xml2 未锁定版本，10/2 前后被某次更新破坏）。站点自 2026-09-17 起未再成功部署，且每天白烧 1 runner 小时。update-dependencies.R提交chore: update dependencies（改DESCRIPTION），而 push 触发的paths-ignore不含DESCRIPTION→ 每次真实依赖变更引发第二次全量构建（main 上已有 2 个此类 commit）。actions/cache@v4、checkout@v4等已触发 Node 20 deprecation 强制升级警告。2.3 可扩展性 / 健壮性
quarto-publish.yml（546 行）与quarto-publish-update-cache.yml（413 行）约 90% 内容重复（R/Python/Julia 环境搭建、预渲染、babelquarto、zh 图片修复全部复制两份）——任何修复都要改两处，已出现改一处漏一处的风险。_quarto.yml660 行手工维护 sidebar（290+ 个手写条目），新增图表需手改易错。copilot/*等）与 434 commit 的 gh-pages 拖慢 clone/fetch（checkout 2 分钟仅是浅层代价）。三、优化方案
A. 存储瘦身（预期站点 −60%，仓库 −90%）
现工作流已上传
upload-pages-artifact，只需将quarto publish gh-pages替换为actions/configure-pages+actions/deploy-pages（公开仓库原生支持）。gh-pages 分支（434 commits、493 MB tip）整体删除，搜索索引/渲染图不再每部署一次就永久复制进 git 历史。部署也从「push 493 MB 树」变为「上传压缩 artifact」，更快且不再产生噪声 commit。用
git-filter-repo按路径清除：Omics/iVolcanoPlot.html、zh/Omics/iVolcanoPlot.html、files/Hiplot/*.rds、历史search.json大版本、已删除页面的渲染图。在 fork/镜像上演练后强推 main；通知贡献者重新 clone；联系 GitHub support 触发服务端 gc 以尽快回收配额；顺带删除陈旧copilot/*远程分支。在 A1 合并后再执行，否则 gh-pages 会再次膨胀回去。*_files/整树拷贝成*.zh_files/。改为后处理重写 zh HTML 中的资源引用（X.zh_files/...→ 指向英文树的相对路径../../<cat>/X_files/...，根级页面为../X_files/...），不复制任何字节。需 CI 截图对比验证 zh 页面图片全部可达。site_libs共享（−35 MB）：同思路把zh/**页面对site_libs的引用重写到根site_libs/（babelquarto 输出的引用路径可控，正则安全）。Omics/iVolcanoPlot.qmd渲染的 ivolcano widget 把全量数据内嵌进 46 MB HTML（en+zh 共 92 MB）。方案：教程内降采样（如非显著基因最多保留 2 万点）+ 链接 Hiplot 完整版应用；保留教学价值的同时把单页压回 <2 MB。scripts/compress-images.sh已有，但 compress-images 工作流只在「触碰 images/** 的 PR」上运行且直接 push 回 PR 分支（fork PR 不可写）。改为：merge 到 main 后自动压缩 + 回写 commit（加[skip ci]），并考虑对 >200 KB 截图转 WebP（预期 −55 MB）。site_libs/**/*.map（−4 MB）；检查_site内残留的.md源文件与孤儿文件。_freeze改为单一滚动 key（或 A1+renv 落地后仅 weekly 保存一次），用gh cache delete清理历史 key，缓存总量压到 ~1.5 GB。B. 构建提速（热构建 46 → ~13 分钟）
生成
renv.lock（锁定 176 包精确版本），CI 改用r-lib/actions/setup-renv，缓存 key =renv.lock哈希（只在真实增删包时失效，而不是任何 DESCRIPTION 抖动）。renv cache + 包安装走 Posit 公共二进制源。同时根治 nightly 失败：babelquarto/xml2 版本被锁定，不再被静默升级破坏。babelquarto 串行渲染 en+zh 两棵树是恒定 12-14 分钟。两条路线（CI 实验后择优）：
babelquarto是否支持单语言渲染（或直接对 zh 用quarto render+ 语言 profile），en/zh 在两个 job 并行，产物合并后再做 zh 资源重写（A3.1/3.2）；_freeze分片后合并——改善冷构建（95-115 → ~40 分钟），热构建收益较小。paths-ignore增加DESCRIPTION、requirements.txt、Julia/Project.toml；或把依赖扫描移出构建主链路（改为 weekly 定时 +[skip ci]回写）。fetch-depth: 1+ 按需git fetch origin $BASE_SHA；确认date-modified: last-modified的实现是否依赖完整历史，若否则稳定受益。A2 历史瘦身后此项与 clone 体验同步改善。C. 可扩展性与便捷性
.github/actions/setup-render-env/：Quarto + R(+renv) + Python + Julia(条件) 四语言环境；.github/actions/render-site/：预渲染 → babelquarto → zh 资源重写 → freeze 保存。quarto-publish.yml与 nightly 都变成 ~80 行的编排层，差异只保留触发条件和部署目标（PR→artifact，main→Pages，nightly→Pages+缓存刷新）。renv::restore()即可复现 CI 环境；manage-dependencies.py/update-dependencies.R的扫描结果以 lockfile diff 呈现，变更可审。_quarto.yml的contents列表（保留人工排序文件），把「新增一页图表」的成本从手改 660 行配置降为「加一个 qmd」。ci-benchmark.yml）：手动触发的无部署构建，逐步骤输出计时 JSON 与_site/_freeze体积报告为 artifact——为后续每项优化的前后对比提供统一度量（见第四节）。checkout@v5、setup-python@v6、cache@v4最新等），消除 deprecation 强制升级的不可控行为。四、CI 验证方案（用 GitHub CI 获取信息、测试每项改动）
workflow_dispatch运行「装环境 + 渲染 + 体积统计、不部署」，上传：步骤耗时表、du -sh _site/*、_freeze大小、gh-pages/artifact 体积对比。_site/zh/**/*.html的src/href，断言文件存在），再加 Playwright 对 20 个代表 zh 页面截图对比。setup-renv构建 ×2 次，确认第二次restore命中且setup-r-dependencies步骤 < 3 分钟、渲染产物 diff 为空（页面 byte-identical 或仅时间戳差异）。五、实施路线图（按依赖顺序，可独立合并）
Phase 0 — 止血（半天）
paths-ignore增加DESCRIPTION/requirements.txt/Julia/Project.toml（B3）copilot/*远程分支Phase 1 — 存储治本（1-2 天）
actions/deploy-pages，删除 gh-pages 分支.map等无用文件Phase 2 — 提速（2-3 天）
setup-renv，缓存 key 绑 lockfile（含第四节验证 3）ci-benchmark.yml基准工作流Phase 3 — 历史重写（需贡献者协调，半天 + 公告）
Phase 4 — 可扩展性（持续）
六、预期收益汇总
风险与回滚
quarto publish。renv::snapshot提交，可 review——这正是我们想要的。本 issue 由 2026-10-07 的全量调研生成：本地 git 对象统计 +
ghCLI（repo/cache/runs/logs）。后续每完成一个 Phase 请勾选对应复选框并在评论区附ci-benchmark报告。